В русском языке, в зависимости от ударения в слове, имеются два имени существительных идентичных в своем графическом отображении: запа́х (от – запахну́ть) и за́пах (от – пахнуть). Это омонимы, то есть, слова, которые пишутся одинаково, но имеют разные лексические значения.
Независимо от этого, корень в этих лексемах – «-пах-». Это легко определяется путем подбора родственных слов.
Запа́х – запахивать, распахивать (окно), распахнув, распахнувши и так далее.
За́пах – пахнуть, пахнет, пахнущий, пахучий, пах.
Как видим, «пах» – общая главная часть обеих групп родственных слов.
Значит, корень слов запа́х и за́пах – «пах».
Состав слова: основа – «запах-», окончание – нулевое, приставка – «за-».